MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Halobacterium salinarum R1 plasmid PHS1

Total Repeats: 3300

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010366	GTG	2	6	37	42	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_010366	GTTAC	2	10	59	68	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
3	NC_010366	ACC	2	6	71	76	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
4	NC_010366	GCGA	2	8	102	109	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
5	NC_010366	CGA	2	6	208	213	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_010366	AAC	2	6	243	248	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_010366	G	7	7	324	330	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
8	NC_010366	TGA	2	6	413	418	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	169237161
9	NC_010366	TCG	2	6	424	429	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237161
10	NC_010366	GAC	2	6	435	440	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237161
11	NC_010366	TCT	2	6	460	465	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	169237161
12	NC_010366	GAA	2	6	468	473	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	169237161
13	NC_010366	CTC	2	6	504	509	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	169237161
14	NC_010366	GCTG	2	8	558	565	0 %	25 %	50 %	25 %	169237161
15	NC_010366	TTC	2	6	567	572	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	169237161
16	NC_010366	CG	3	6	602	607	0 %	0 %	50 %	50 %	169237161
17	NC_010366	TCG	2	6	628	633	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237161
18	NC_010366	GTC	2	6	708	713	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237161
19	NC_010366	GTCACG	2	12	733	744	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	169237161
20	NC_010366	GGC	2	6	793	798	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	169237161
21	NC_010366	GAT	2	6	909	914	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	169237162
22	NC_010366	GTGGG	2	10	1008	1017	0 %	20 %	80 %	0 %	169237162
23	NC_010366	GAC	2	6	1101	1106	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237162
24	NC_010366	CTT	2	6	1122	1127	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	169237162
25	NC_010366	GTC	2	6	1149	1154	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237162
26	NC_010366	GGTG	2	8	1158	1165	0 %	25 %	75 %	0 %	169237162
27	NC_010366	TTC	2	6	1238	1243	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_010366	TC	3	6	1278	1283	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
29	NC_010366	TGA	2	6	1341	1346	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
30	NC_010366	GTC	2	6	1382	1387	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_010366	GTT	2	6	1422	1427	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
32	NC_010366	GAG	2	6	1521	1526	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_010366	ATA	2	6	1527	1532	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_010366	GTCT	2	8	1584	1591	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
35	NC_010366	CGA	2	6	1617	1622	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_010366	CGC	2	6	1635	1640	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
37	NC_010366	GT	3	6	1680	1685	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
38	NC_010366	TGC	2	6	1694	1699	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_010366	ATG	2	6	1740	1745	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_010366	AT	3	6	1760	1765	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_010366	GAAA	2	8	1770	1777	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_010366	GA	3	6	1898	1903	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
43	NC_010366	CGGG	2	8	1910	1917	0 %	0 %	75 %	25 %	169237163
44	NC_010366	CAG	2	6	2029	2034	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237163
45	NC_010366	GGT	2	6	2078	2083	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	169237163
46	NC_010366	CGC	2	6	2146	2151	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	169237163
47	NC_010366	CTG	2	6	2193	2198	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237163
48	NC_010366	CGG	2	6	2201	2206	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	169237163
49	NC_010366	CCAC	2	8	2216	2223	25 %	0 %	0 %	75 %	169237163
50	NC_010366	TCG	2	6	2272	2277	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237163
51	NC_010366	TCC	2	6	2281	2286	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	169237163
52	NC_010366	GCG	2	6	2318	2323	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	169237163
53	NC_010366	TCC	2	6	2338	2343	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	169237163
54	NC_010366	GCG	2	6	2348	2353	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	169237163
55	NC_010366	CCGTC	2	10	2408	2417	0 %	20 %	20 %	60 %	169237163
56	NC_010366	CGT	2	6	2480	2485	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237163
57	NC_010366	TGA	2	6	2501	2506	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	169237163
58	NC_010366	GCT	2	6	2559	2564	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237163
59	NC_010366	GAC	2	6	2571	2576	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237163
60	NC_010366	CGT	2	6	2597	2602	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237163
61	NC_010366	CAT	2	6	2649	2654	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	169237163
62	NC_010366	GAG	2	6	2694	2699	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	169237163
63	NC_010366	CGCT	2	8	2715	2722	0 %	25 %	25 %	50 %	169237163
64	NC_010366	AAC	2	6	2733	2738	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	169237163
65	NC_010366	CGT	2	6	2765	2770	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237163
66	NC_010366	CGA	2	6	2774	2779	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237163
67	NC_010366	TGA	2	6	2783	2788	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	169237163
68	NC_010366	GAA	2	6	2799	2804	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	169237163
69	NC_010366	ACT	2	6	2856	2861	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	169237163
70	NC_010366	TCGC	2	8	2948	2955	0 %	25 %	25 %	50 %	169237163
71	NC_010366	CGT	2	6	3089	3094	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237163
72	NC_010366	CGA	2	6	3197	3202	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237163
73	NC_010366	GGA	2	6	3296	3301	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	169237163
74	NC_010366	ACG	2	6	3346	3351	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237163
75	NC_010366	CGG	2	6	3356	3361	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	169237163
76	NC_010366	CGT	2	6	3374	3379	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237163
77	NC_010366	GTC	2	6	3396	3401	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237163
78	NC_010366	CG	3	6	3405	3410	0 %	0 %	50 %	50 %	169237163
79	NC_010366	GCT	2	6	3467	3472	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237163
80	NC_010366	TTC	2	6	3502	3507	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	169237163
81	NC_010366	GGA	2	6	3524	3529	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	169237163
82	NC_010366	GC	3	6	3533	3538	0 %	0 %	50 %	50 %	169237163
83	NC_010366	TCG	2	6	3586	3591	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237163
84	NC_010366	TTG	2	6	3663	3668	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	169237163
85	NC_010366	CCA	2	6	3698	3703	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	169237163
86	NC_010366	CG	3	6	3732	3737	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
87	NC_010366	CGT	2	6	3749	3754	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_010366	TTC	2	6	3820	3825	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_010366	GCGG	2	8	3856	3863	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
90	NC_010366	ACT	2	6	3880	3885	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_010366	TCC	2	6	4047	4052	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
92	NC_010366	AAG	2	6	4178	4183	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	169237164
93	NC_010366	TCG	2	6	4270	4275	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237165
94	NC_010366	CTG	2	6	4300	4305	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237165
95	NC_010366	TAC	2	6	4317	4322	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	169237165
96	NC_010366	TGG	2	6	4346	4351	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	169237165
97	NC_010366	CGA	2	6	4427	4432	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237165
98	NC_010366	CAG	2	6	4440	4445	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237165
99	NC_010366	TAA	2	6	4492	4497	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	169237165
100	NC_010366	CTA	2	6	4589	4594	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	169237165
101	NC_010366	AG	3	6	4718	4723	50 %	0 %	50 %	0 %	169237166
102	NC_010366	AT	3	6	4761	4766	50 %	50 %	0 %	0 %	169237166
103	NC_010366	AGA	2	6	4781	4786	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	169237166
104	NC_010366	T	6	6	4789	4794	0 %	100 %	0 %	0 %	169237166
105	NC_010366	TCG	2	6	4976	4981	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_010366	ATT	2	6	4994	4999	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_010366	GAC	2	6	5030	5035	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_010366	GTC	2	6	5048	5053	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_010366	AG	3	6	5075	5080	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
110	NC_010366	GTC	2	6	5220	5225	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_010366	CTC	2	6	5236	5241	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
112	NC_010366	ACC	2	6	5273	5278	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
113	NC_010366	AC	3	6	5324	5329	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
114	NC_010366	TATAA	2	10	5338	5347	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_010366	CT	3	6	5373	5378	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
116	NC_010366	ATG	2	6	5400	5405	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
117	NC_010366	CTGACG	2	12	5447	5458	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_010366	GAT	2	6	5548	5553	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	169237167
119	NC_010366	ACA	2	6	5573	5578	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	169237167
120	NC_010366	TGG	2	6	5581	5586	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	169237167
121	NC_010366	GGT	2	6	5598	5603	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	169237167
122	NC_010366	TCT	2	6	5639	5644	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	169237167
123	NC_010366	TGAA	2	8	5687	5694	50 %	25 %	25 %	0 %	169237167
124	NC_010366	TG	3	6	5723	5728	0 %	50 %	50 %	0 %	169237167
125	NC_010366	AAG	2	6	5795	5800	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	169237167
126	NC_010366	CGC	2	6	5808	5813	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	169237167
127	NC_010366	TTG	2	6	5814	5819	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	169237167
128	NC_010366	CAA	2	6	5857	5862	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	169237167
129	NC_010366	GTC	2	6	5876	5881	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237167
130	NC_010366	CTG	2	6	5884	5889	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237167
131	NC_010366	CTTG	2	8	5911	5918	0 %	50 %	25 %	25 %	169237167
132	NC_010366	GTT	2	6	6035	6040	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	169237167
133	NC_010366	TAC	2	6	6175	6180	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	169237167
134	NC_010366	TCT	2	6	6311	6316	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	169237167
135	NC_010366	TAC	2	6	6406	6411	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	169237167
136	NC_010366	TCA	2	6	6437	6442	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	169237167
137	NC_010366	TGG	2	6	6457	6462	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	169237167
138	NC_010366	TTC	2	6	6502	6507	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	169237167
139	NC_010366	GGA	2	6	6530	6535	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	169237167
140	NC_010366	TGT	2	6	6772	6777	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	169237167
141	NC_010366	TTG	2	6	6836	6841	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	169237167
142	NC_010366	CGG	2	6	6848	6853	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	169237167
143	NC_010366	TCT	2	6	6869	6874	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	169237167
144	NC_010366	CATT	2	8	6887	6894	25 %	50 %	0 %	25 %	169237167
145	NC_010366	CTT	2	6	6899	6904	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	169237167
146	NC_010366	AGT	2	6	6931	6936	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	169237167
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148	NC_010366	TCC	2	6	7289	7294	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	169237167
149	NC_010366	TAG	2	6	7368	7373	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	169237167
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152	NC_010366	GTA	2	6	7458	7463	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	169237167
153	NC_010366	T	7	7	7484	7490	0 %	100 %	0 %	0 %	169237167
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161	NC_010366	CTT	2	6	7878	7883	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	169237168
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178	NC_010366	AGTAA	2	10	8723	8732	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
179	NC_010366	CAT	2	6	8845	8850	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
180	NC_010366	TGG	2	6	8858	8863	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
181	NC_010366	GAA	2	6	8973	8978	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
182	NC_010366	CTT	2	6	9026	9031	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
183	NC_010366	CGCTG	2	10	9064	9073	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
184	NC_010366	AAATG	2	10	9076	9085	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
185	NC_010366	TCA	2	6	9089	9094	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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250	NC_010366	ATC	2	6	11886	11891	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	169237169
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253	NC_010366	TCA	2	6	12124	12129	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	169237169
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255	NC_010366	GAT	2	6	12207	12212	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	169237169
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257	NC_010366	GGC	2	6	12232	12237	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	169237169
258	NC_010366	CAG	2	6	12295	12300	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237169
259	NC_010366	TCC	2	6	12464	12469	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
260	NC_010366	GAC	2	6	12528	12533	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
261	NC_010366	CGT	2	6	12563	12568	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
262	NC_010366	GAT	2	6	12585	12590	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
263	NC_010366	CCGTGA	2	12	12608	12619	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
264	NC_010366	CGG	2	6	12714	12719	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
265	NC_010366	TGT	2	6	12723	12728	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
266	NC_010366	TGG	2	6	12731	12736	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
267	NC_010366	CGA	2	6	12755	12760	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
268	NC_010366	GCTGTC	2	12	12772	12783	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
269	NC_010366	GGC	3	9	12784	12792	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
270	NC_010366	GCC	2	6	12794	12799	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
271	NC_010366	GTC	2	6	12862	12867	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237170
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395	NC_010366	GAG	2	6	18112	18117	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	169237176
396	NC_010366	GAC	3	9	18154	18162	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237176
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399	NC_010366	TCG	2	6	18483	18488	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237177
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403	NC_010366	CGT	3	9	18780	18788	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237178
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